话说孙思邈这次与巫后在梦境中交锋，并没有占到上风，倒是吃了一个大亏，他的伤并没有表面上那么轻。在梦境中，他的灵魂被巫后的尾巴抽击到，只是跌撞到院子里。如果在现实中，孙思邈被巫后的尾巴抽击这么一下，肯定肉身崩溃而死。
孙思邈必须找一个地方好好休养一段时间，要不然就会留下无法恢复的暗伤。他打算就近进入终南秘境，在里面休养一年。
孙思邈让杨雪寒准备一些干粮，然后进入终南秘境。他看到秘境里还是老样子，蜘蛛网密布。蜘蛛最主要的食物就是昆虫，由此可见终南秘境内各种昆虫很多。
终南秘境能吸引这么多昆虫来此，一是因为这里有温泉，一年四季温度都比较适宜。二是因为这里聚集了终南山的地气，是俗世所说的龙穴所在地。一些常见的昆虫药材，如土鳖虫、蝉蜕、僵蚕、九香虫、斑蝥、蜂房?、蝎子、蜈蚣、地龙，在这里都能找到，品质还是上等。
终南秘境不算很大，秘境里蝴蝶非常多，它们是一些喜温的品种，如大紫蛱蝶、灰蝶、金凤蝶等时不时在谷内成群飞舞。
蝴蝶化蝶之前，都是一只只毛毛虫，它们主要靠吃树叶来生存。秘境山谷的南坡上有一片野生的桑林，那里就是昆虫聚集地。
桑林昆虫那么多，吸引了灰喜鹊、棕头雀，这种小鸟来啄食。野桑林每当桑葚成熟掉落在地上，会吸引一些老鼠前来觅食。老鼠这种动物非常神奇，生命力很强，可以说无处不在。这些构成了秘境奇特的生物链。孙思邈休养之余会到谷内走走看看，他不会打破谷内这种生物链。
孙思邈本来打算将这里打造成一个道教洞天福地，但他手头拮据，既没有财力，也没有人力，更没有时间，就一直搁置着。这次来此养伤才有时间和雅兴，好好观察终南秘境。
某日，孙思邈在秘境的温泉池泡着，身体的舒爽带来了心灵上的疗养，身心的疲倦一扫而光。
孙思邈走出了温泉池，来到小三子以前挖仙人余粮--黄精的地方。他挖了一些黄精回去煮食，顺便前去枣树那里看上一眼。山洞旁那棵枣树，叶子稀稀落落，被虫子啃食的千疮百孔；树上结的枣子还是青色的，要想成熟还得一两年。
孙思邈待在秘境内，也不是整天打坐疗伤，泡温泉。他兴致来了，会制药，写书稿。
孙思邈想要着医书，必须十分小心谨慎，医书里面出现错误，会造成非常严重的后果，他现阶段只能积累经验，写一些草稿。他写的医书草稿，早就超过百万字。每一本传世之作，都要消耗作者10年以上的时间，至少要三易其稿，而后才能成书。
孙思邈在终南秘境养伤一年，外面却发生了很多事。
李世民草草埋葬了李渊，打发一些老臣离京。这事导致朝臣不满，第一个跳出来指责李世民的就是魏征，说他是隋炀帝第二，既不孝又不义。房玄龄也上书规劝李世民，不要再打击那些朝中旧臣。
世人都愿意听好话，李世民也是。他听了一肚子谏言，心里那个怒气，根本没地方发泄。李世民跟隋炀帝很像，但是他比隋炀帝更能忍。他来到长孙皇后宫殿门口，听见皇后在诵读《观无量寿经》为他祈祷。
《观无量寿经》讲的佛教故事：“阿阇世王幽禁其父亲频婆娑罗王与母亲韦提希夫人，事后他对此进行忏悔。”李世民站在宫殿门口听了很久，没有走进去，而是默默的转身走了。李世民觉得自己是胜利者，事情的最终解释权在自己手里，他不会因此忏悔。